PCRdi檢出限芻議
更新時間:2020-11-17 | 點擊率:967
現(xiàn)在,PCR試劑盒常用于各種檢測。其中di檢出限是PCR試劑盒一個重要的參數(shù)。PCRdi檢出限就是所能檢測到的靶標(biāo)的di值。di檢出限的確定應(yīng)通過定量標(biāo)準(zhǔn)品來完成。定量標(biāo)準(zhǔn)品一般是經(jīng)過嚴(yán)格標(biāo)定拷貝數(shù)的陽性DNA,梯度稀釋后進(jìn)行一系列的檢測,每個梯度做8個復(fù)孔,終確定條帶能否觀測到或確定Ct值。
示例. PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品(支原體)(Minerva Biolabs)
接著可用Reed-Muench公式計算方法的檢測限(LOD50),lgLOD50=距離比例×稀釋對數(shù)質(zhì)檢的差+高于50%檢出率的稀釋度的對數(shù)。距離比例=(高于50%檢出率的百分?jǐn)?shù)-50%)/(高于50%檢出率的百分?jǐn)?shù)-低于50%檢出率的百分?jǐn)?shù))。也可使用Excel軟件在回歸分析中,自動計算LOD值(Data>Data Analysis>Regression,選中X,Y值)
PCRdi檢出限相當(dāng)于方法的靈敏度,它與DNA模板的質(zhì)量(包括是否有雜質(zhì))、整個PCR反應(yīng)體系的性能優(yōu)化(包括反應(yīng)緩沖液、酶的功能、引物序列、引物濃度)、PCR程序條件的設(shè)定都有關(guān)系。有人采用巢式PCR,的確使得方法的靈敏度更高,但同時也增加了反應(yīng)的復(fù)雜性和反應(yīng)時間。
總之,PCR具有足夠低的檢測限,才能保證不會發(fā)生漏檢。因此,在方法學(xué)意義上,di檢測限應(yīng)受到足夠的重視。
參考文獻(xiàn):
- Armbruster, D.A., Pry T. Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation. Clin. Biochem. Rev. 29, Suppl 1 (2008).
- Ripp, J., Analytical Detection Limit Guidance & Laboratory Guide for Determining Method Detection Limits, Wisconsin Department of Natural Resources, Laboratory Certification Program, 1996.
- Shrivastava, A., Gupta, V. Methods for the determination of limit of detection and limit of quantitation of the analytical methods. Chronicles Young Sci. 2, 1 (2011). doi:10.4103/2229-5186.79345.
- Desimoni, E., Brunetti, B. About Estimating the Limit of Detection by the Signal to Noise Approach. Pharm. Anal. Acta. 6, 4 (2015). doi:10.4172/2153-2435.1000355.
感謝締一生物提供相關(guān)內(nèi)容。